神輿渡御は明治の淀城跡への移転後に、水垂の旧神社跡に向けて３基の神輿が担がれたとされています。当初は船に乗せられて桂川を渡っていました。
 この「船渡し」の形態と御旅所（水垂の旧神社跡）への往きと戻りが、神輿のすれ違いができないために順序が逆になることとともに珍しく、「あとが先になる淀祭り」と評判をとりました。

その後昭和初期頃までは神輿は出ていましたが、戦争とその拡大のために担ぎ手が不足し中断されていました。 戦後になって一旦復活しましたが船渡しでなく、宮前橋を担いで渡るようになりました。 しかしその後昭和33年の引き手の事故により再び中断することになりました。

現在は氏子の貢献により平成14年から45年ぶりに復活することとなりました。平成18年より2基目となる神輿の修理も完了しました。
さらに平成20年度より3基目の神輿が巡行するようになります。

（参考文献　「郷土 納所・淀・久御山」
発刊：京都淀ライオンズクラブ
著者：千金嘉弘）